Marco legal
La CNEA tiene un marco organizativo basado en la transversalidad, sostenido por la interacción de sus principales áreas temáticas: energía nuclear, aplicaciones, investigación y seguridad ambiental . A partir de este ordenamiento el organismo encontró una estructura ágil y dinámica para fortalecer sus proyectos.
Marco Legal
 
Las actividades de la CNEA se desarrollan dentro de un marco legal variado, con dos normas principales que tutelan su funcionamiento: Decreto-Ley N° 22.498/56, ratificado por la Ley N° 14.467, y la Ley Nacional de la Actividad Nuclear N° 24.804, con su Decreto Reglamentario Nº 1.390/98.

Además, la CNEA es responsable de la aplicación de la Ley Régimen de Gestión de Residuos Radiactivos (Ley N° 25.018), y de la Convención (Internacional) Conjunta sobre la Seguridad en la Gestión de los Combustibles Gastados y la Seguridad en la Gestión de los Residuos Radiactivos, refrendada por la Ley N° 25.279.
A continuación se presenta -en orden cronológico- un listado completo del cuerpo normativo que enmarcan los usos pacíficos de la energía nuclear en el país.

Normas que rigen la actividad nuclear de la República Argentina (1950-2014)

Creación de la Comisión Nacional de Energía Atómica
Decreto N° 10.936/50 31 de mayo de 1950
Publicado: Boletín Oficial de la República Argentina, 7 junio 1950 (Derogado por Decreto Ley N.° 22.498/56 )

Organización de la Comisión Nacional de Energía Atómica
Decreto-Ley N° 22.498/56 19 de diciembre de 1956
Publicado: Boletín Oficial de la República Argentina, 28 diciembre 1956 (Ratificado por Ley N.° 14.467) (Parcialmente derogado por Ley N.° 24.804, Arts. 2.°, 5.°, 9.°, 11.°,16.° y 17.°)

Ratificación de decretos-leyes del Gobierno provisional (Dictados entre el 23 de septiembre de 1955 y el 30 de abril de 1958)
Ley N° 14.467
Sancionada: 5 de septiembre de 1958 Promulgada: 23 de septiembre de 1958. 
Publicada: Boletín Oficial de la República Argentina, 29 de septiembre de 1958.

Reorganización de actividades y modificación de las competencias de la Comisión Nacional de Energía Atómica. Creación del Ente Nacional Regulador Nuclear. Constitución de Nucleoeléctrica Argentina S. A.
Decreto N° 1.540/94 30 de agosto de 1994. 
Publicado: Boletín Oficial de la República Argentina, 2 de septiembre de 1994.

Ley Nacional de la Actividad Nuclear
Ley N° 24.804
Sancionada: 2 de abril de 1997. 
Promulgada parcialmente: 23 de abril de 1997. 
Publicada: Boletín Oficial de la República Argentina, 25 de abril de 1997.

Reglamentación de la Ley Nacional de la Actividad Nuclear N.° 24.804
Decreto N° 1.390/98 27 de noviembre de 1998.
Publicado: Boletín Oficial de la República Argentina, 4 de diciembre de 1998.

Régimen de Gestión de Residuos Radiactivos
Ley N° 25.018
Sancionada: 23 de septiembre de 1998 Promulgada: 19 de octubre de 1998.
Publicada: Boletín Oficial de la República Argentina, 23 de octubre de 1998.

Apruébase la Convencion Conjunta sobre Seguridad en la Gestión del Combustible Gastado y sobre Seguridad en la Gestión de Desechos Radiactivos, adoptada en Viena.
Ley N° 25.279
Sancionada: 6 de julio de 2000.
Promulgada: 31 de Julio de 2000.

Ratifícanse la modificación del Estatuto Social de Nucleoléctrica Argentina Sociedad Anónima. Instrúyese a Nucleoeléctrica S.A. para la realización de los actos societarios necesarios para la conformación de la Unidad de Gestión Central Nuclear Atucha II, cuyo objeto será llevar a cabo los actos que se requieren para la puesta en operación de la Central Nuclear Atucha II y concretar la participación de la Comisión Nacional de Energía Atómica.
Decreto N° 981/05 18 de agosto de 2005.
Publicado: Boletín Oficial de la República Argentina, 22 de agosto de 2005.

Plena vigencia del régimen instaurado para la ejecución de las obras de la Central Nuclear Atucha II, otorgado a la Comisión Nacional de Energía Atómica y haciéndolo extensivo a la Unidad de Gestión Central Nuclear Atucha II de Nucleoeléctrica Argentina Sociedad Anónima.
Decreto N° 1.085/06 23 de agosto de 2006.
Publicado: Boletín Oficial de la República Argentina, 25 de agosto de 2006.

Estructura organizativa del primer nivel operativo de la CNEA 
Decreto 1.612/06
Sancionada el 8 de Noviembre de 2006.
Publicado: Boletín Oficial de la República Argentina el 10 de Noviembre de 2006

Ratificación del Acta Acuerdo por cesión de acciones suscripta por Nucleoeléctrica Argentina S. A. y la Comisión Nacional de Energía Atómica el 22 de junio de 2006
Decreto N° 1.760/09 16 de noviembre de 2009.
Publicado: Boletín Oficial de la República Argentina, 19 de noviembre de 2009.

Se declaran de interés nacional las actividades que permitan concretar una cuarta central, la extensión de la vida útil de la Central Nuclear Embalse y el Prototipo de Reactor Carem
Ley N.° 26.566
Sancionada: 25 de noviembre de 2009 Promulgada de hecho: 17 de diciembre de 2009.
Publicada: Boletín Oficial de la República Argentina, 24 de diciembre de 2009.